《飞翔的魔女》15岁的魔女MakotoKihata从横滨来到日本东北部的青森县。她开始接受女巫的训练。她带着黑猫千多，搬到远房亲戚阿吉家，转学到当地的学校。生活在这个小镇上，虽然她现在的魔法水平只能骑着竹扫帚在天上飞，但她还是很努力地学习。除了拔曼陀罗草做药材，真琴还开始开辟一块小地，打算种菜。