《樱花庄的宠物女孩》就读水明艺术大学附属高中的神田空太，一年级夏天时在宿舍养猫，而被校长叫去问话，并要求把猫赶走，否则就搬出宿牺牲为爱猫一族的空太，企图抵挡权威，结果被撵出宿舍，流落到恶名昭彰的“樱花庄”隔年春天，随着世界级天性画家椎名真白搬进了樱花庄，神田空太开始过起被这名缺乏常识的少女耍得团团转的日子。