《遗迹守护者》一个名为“阿卡姆”的非政府组织是从古代文明留下的信息中汲取灵感而成立的。旨在保护和密封超古代文明的危险遗迹。加入《阿卡姆》的特工被称为SPRIGGAN。其中，一号特工是一个名叫三上奈优（森久保祥太郎配音）的17岁少年。在土耳其调查中，“阿卡姆”意外发现了诺亚方舟。方舟内隐藏着毁灭世界的神秘力量，于是许多组织开始窥探这座传奇的古代遗迹。美国派出一队半机械人与“阿卡姆”展开激烈的遗体争夺战。而其中一个自称神的化身少年，想要私下利用诺亚方舟，引发第二次洪水，毁灭世界……妙玉妙玉能阻止这个疯狂的计划吗？世界会走向灭绝吗？