《果宝特攻2》成功拯救果界后，果果在花果山合唱团唱起祝贺胜利。没想到，第七层崩塌，七彩莲受了伤。东方秋为救彩莲而战败。不小心被外人欺骗利用，接受了人世间的忍耐。然而，他们也成为了上山探访东方败北的劫果者的方丈和祖母，无意中看到了蛛丝马迹。三剑客到了，方丈和郭奶奶为了保全实力，装疯装傻，对方被骗死了。剑客已无立足之地，必须远行，免得东方败北的迫害。在萧国鼎的帮助下，三剑客恢复了性命，重拾斗志，誓要查明真相。每个人都拼尽全力，也经历了许多磨难。机甲在莲珠的洗礼下重生。他们三人不断的提升自己，获得了新的技能和必杀技，对方也获得了实力和武器提升，再加上神鬼。凭借着变幻莫测的忍术，他们三人曾多次陷入苦战。三剑客屡败屡战，在失败中成长。众人在花果山相遇，迎来了与东方决战败北。