《黑衣人2》故事发生在第一部分四年后。此时，特警K（汤姆·李·琼斯饰）已经退休，成为一名普通的邮政局长，而J（威尔·史密斯饰）继续在MIB工作。卡洛瑟的邪恶女王瑟琳娜来到地球寻找宇宙能量“萨塔之星”，并占领了MIB的总部。而当年流浪到地球的萨塔罗娜公主，要求MIB将“萨塔之星”隐藏在地球上。对此事负全责的K，为了地球的安全，拒绝了她。面对来势汹汹的Serena，MIB派J探查当年事件的真相，如何战胜K失去的记忆，相信外星人的存在，成为J面临的第一个问题……