《花与爱丽丝杀人事件修复版》初中女生有川哲子（苍井优配音）因父母离异转学到石之森学园。让她有些郁闷的是，同学们都用异样的眼光看着她，甚至对她敬而远之。从同班同学无名口中得知，现在哲子所坐的桌子，原来的主人卷入了一场所谓的“犹大和他四位妻子的谋杀案”。那张桌子后面有一张桌子。它的主人新井嘉（铃木杏配音）长期旷课，嘉也是哲子现在的邻居。为了查明杀人真相，自称“爱丽丝”的哲子勇敢地进入花家，并了解到“犹大”的过去。以此为契机，这两个有些古怪却又聪明可爱的女孩，开始了一段深厚的友谊……