《名侦探柯南：世纪末的魔术师》小兰的朋友原子家铃木财团筹备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的报告函，上面用迷语的方式列明他盗宝的功夫。原子找到小兰的爸爸名侦查毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后能手柯南也会和小兰一起前来。柯南遇到了同为侦查的服部平次，两人决定一起联手解开怪盗基德之谜！