《少林活宝贝》在静觉寺清幽严肃的环境中，空智大师（刘家辉）正主持佛学并熏陶一班小和尚勤练功夫，健体强身，惟当中肥仔清凉调皮的性格街知巷闻，结果因贪玩gameboy而遭师父处治。心心不愤的清凉欲到空智房间偷回游戏机，得师兄清心（刘赐才）帮助才免被师父指责。原来，两人从来希望走到外面的花花世界见识，就在一次机缘巧合下，清心与清凉漂泊香港，并遇上女扒手Money（李婉华）。　　她眼会见前小僧功夫了得，且无家可归，遂决定暂时收容及教晓他们扒手技术，联同邻居小孩宝宝（李晓彤）一齐出外揾食，可是小和尚行事时却乌龙百出，闹出不少笑话。不久，空智急忙到港寻找二人下落，怎知其身怀巨款之秘密外泄，惹来贵利王垂涎，实行掳走小和尚要协空智交出巨款。