《小羊肖恩2：末日农场》宁静祥和的农场里，小羊肖恩和伙伴们大开脑洞，做着各种挑战生命极限的游戏。这可气坏了牧羊犬，他接二连三制定禁令，提防羊们兴风作浪。肖恩哪能随便被人摆布？他想出鬼点子，通过电话订购了披萨，谁知却引来了一个始料未及的不速之客。来者是一个名叫噜啦的外星宝宝。虽然语言欠亨，但通过肢体语言，肖恩终于弄清噜啦想要找到飞船回到本人的家乡。经过一番缜密的策划，肖恩终于和这个新朋友踏上寻找飞船的征途。与此同时，不明飞行物的造访在小镇引起轰动，同时也惊动了一个专门追寻外星生物的政府机构。从来一波三折的寻找飞船之旅，如今又介入了气势汹汹的对手，肖恩他们将面临空前绝后的考验……