《雅典娜：无间谍局》韩国反恐机构的最佳特工李正宇（郑宇成饰）遇到了情报局展厅的导游尹惠仁（秀爱饰）。有一种不同的人生经历，迫使他用尽全力与他人保持距离。现在是韩国自主研发最新核反应堆关键努力的时候了，这个消息对这个名为“雅典娜”的组织来说就像一个霹雳。这个暗中存在的组织一直控制着全球电力市场，为了维持霸主地位，甚至不惜挑起战争，激起恐怖分子的报复。这一次韩国成了他们眼中的刺。为了实现其目标，该组织使用了其核心成员。美国情报局东亚司司长孙赫（车胜元饰）利用职权阻止韩国的研发进程。有必要又一场血腥风暴。孙赫假装被美国情报局送回韩国协助韩方。他立即开始大规模收集东亚核反应堆研发的最新信息。组织成员。不断发生的离奇案件，引起了反恐局的怀疑。通过追查线索，发现被害嫌疑人的同伙如今在意大利维琴察还有进一步的阴谋。李正宇和前任金基秀（金敏钟饰）被派往维琴察调查真相。一直不知所措的李正宇经历了一波又一波的偷袭，终于发现对方的目的是绑架隐匿在维琴察读书的韩国总统的独生女……