《高中舰队》故事发生在遥远的未来，彼时，大陆板块的活动令海水渐渐吞噬了日本的大部分疆土，人们不得不在海上建造起新的都市。随着时间的推移，海上都市的范围越来越大，航路越来越复杂，为了维持秩序，一种人们称之为的新型职业渐渐被大众所接收和憧憬，这份光荣的职业亦成为了很多女子高中生们未来奋斗的目标。　　活泼开朗乐观向上的岬明乃（夏川椎菜配音）、噤若寒蝉外冷内热的宗谷真白（Lynn配音）、害羞内向但在熟人面前有着十分可爱的一面的立石志摩（古木望配音）、傲娇毒舌非常在意自己身高的西崎芽依（种崎敦美配音），这些个性迥异的女孩子们，能否能够实现她们心中的理想呢？