《我讨厌耶稣》男孩Yura随家人离开日本到爱下雪的乡村与祖父一起生活，为此他不得不适应新的学校，而且还是一所基督学校。刚开始，Yura对被召集去敬拜上帝感到十分困惑，但他正逐渐适应这个新环境。在一次祷告时，Yura看到一个很小的耶稣出现，而他对小耶稣所许的每个愿望都能实现，让Yura开始相信上帝的力量。