《消失的十一层》六年前定性认定的矿井下渗水安全事故，因挖出一个头骨而再次被警方注意到。与此同时，突然出现在野人山的森林警察竟然是六年前矿斗案的杀人逃犯，而两起案件都与河中有关。在相关案件的侦查过程中，公安局常务副局长曲江河发现，始终有一只看不见的手在阻碍侦查。敌人总是先发现警察的行动，从而提前消失证据，使调查变得困难。