《重神机潘多拉》2031年，作为下一代能源装置开发的“量子反应堆”发生失控事故，世界将发生翻天覆地的变化。突然从地下蔓延的闪光吞没了城市建筑，覆盖了大地。终于，超越并协调了生物、机械、植物的未知奇异进化生物“B.R.A.I”出现了。七年后，祥龙重生，成为对城市“新祥龙”的绝对守护。它以惊人的速度完成进化，与濒临灭绝的B.R.A.I相对，成为人类最后的希望堡垒。在命运的指引下，他们聚集在了新的翔龙雷昂、柯毅、昆凌、道格。塞西尔、凯恩、杰、格伦等人把他们领进了守卫。于是，赌上人类生存的特种部队“潘多拉”诞生了。签订契约的时候，希望被寄托在他们身上——