《圣斗士星矢圣斗少女翔》主角祥子是流星学院中学的一名中学生。和她很亲近的姐姐杏子，自从五年前出国留学后就失去了下落。一天，一个身份不明的人突然袭击了祥子。袭击她的是恶灵，过去被雅典娜女神封印的邪神厄里斯的手下。于是祥子得知了雅典娜、圣斗士星矢、圣斗女的存在，以及自己和姐姐的残酷命运。灵魂被封印的邪神厄里斯即将复活，邪精灵们也将活跃起来。在星矢等人的银河战与十二宫激战的另一边，沙织和圣女利用黄金圣斗士的力量，与恶灵展开激战！此外，邪恶的佐贺也出现了复活的迹象……掌握着所有钥匙的，正是为了成为圣女而刚刚开始修炼的翔子！即便被残酷的命运击倒，少女们依旧抗拒着命运。少女与神明的英勇战斗故事开启！